El Museo de la Biodiversidad estará ubicado en una estrecha franja de tierra entre la Bahía de Panamá y el Canal de Panamá, en la antigua base militar de Amador. El sitio tiene una superficie de aproximadamente 35,000 m2, de los cuales aproximadamente 4,100 m2 estarán ocupados por el museo propiamente dicho y sus dependencias en el antiguo club de oficiales, en donde estarán ubicadas las oficinas administrativas del museo. En el resto del sitio se construirá un parque público cuyo principal característica será una profusión de especies autóctonas de árboles y plantas terrestres y acuáticas. El parque ha sido concebido no solamente como un lugar de ocio, sino como una proyección del contenido didáctico de las exhibiciones del museo hacia el exterior.

Los diversos componentes del museo de Gehry están dispuestos sobre dos ejes de circulación. Sobre un eje longitudinal que se extiende en un sentido paralelo al canal, un conjunto de pabellones de diversas formas y colores están colocados alrededor de un atrio monumental e interconectados por un ensamblaje de techos metálicos pintados de colores primarios vivos. Los pabellones alberguen las diversas salas de exhibiciones, una tienda, una sala de exhibiciones temporarias y una cafetería.

El eje transversal esta constituido por dos grandes rampas que atraviesan el atrio central y unen el lado de la bahía al lado del canal. Este atrio central ha sido concebido como una plaza publica cuyas cubiertas se elevan a casi treinta metros por encima del nivel del suelo. Será un espacio de congregación y comunicación y constituye el punto de entrada y salida de las exhibiciones.