El resultado es un elegante edificio de cristal y techo ondulado que parece haber crecido de forma natural en el suelo del parque. El arquitecto reconoció que se enamoró del proyecto en cuanto supo de él y que pasó largas horas sentado frente al lugar donde debía levantarse el museo, reflexionando sobre la mejor manera de incorporarlo al entorno del parque Golden Gate, donde se encuentra.

Todo el tejado del edificio - una superficie ondulada de 10.000 metros cuadrados en homenaje a las colinas de San Francisco- está cubierto de plantas y flores autóctonas. Este "techo viviente" cumple la función de mantener fresco el interior del edificio. También sirve a la vez de recoger unos 13 millones de litros de agua al año que se reutiliza en gran parte para uso el museo. En el interior, la temperatura es fresca pese al calor de la calle y sólo hay aire acondicionado en unas pocas zonas del edificio.

En el techo de cristal, compuertas y cortinillas controladas con un sistema computerizado se abren y se cierran para mantener la temperatura adecuada dentro del recinto y facilitar el paso de la brisa del Pacífico. El reciclaje ha sido prioritario en el diseño; por ejemplo, se utilizaron pantalones vaqueros viejos para el aislamiento de los muros. Además, el museo está rodeado de una marquesina de cristal en la que se han integrado células fotovoltaicas, con las que el edificio genera un 15% de la energía eléctrica que consume.