Durante la Edad Media fue lugar de peregrinación porque en el transepto se custodiaban las reliquias de santo Tomás Becket, canciller inglés y arzobispo de Canterbury, que fue asesinado en 1170, por orden de Enrique II de Inglaterra.

Nada permanece del edificio original que fue destruido en 1067, aunque luego fue reconstruido en estilo normando. El aspecto interior se debe en gran parte al trabajo de William de Sens, que diseñó el coro y el ábside en 1174.

En 1374 el obispo de Canterbury, Sudbury, decide derribar las naves antiguas de la catedral y levantar otras nuevas, confiando el proyecto a Henry Yeveley. La muerte del obispo paró la obra que se continuará ya hacia finales del Siglo XIV.

La torre campanario fue construida por John Wastell al final del siglo XV. Los hugonotes usaron una capilla de la cripta normanda durante el siglo XV. Algunas vidrieras realizadas entre 1178 y 1200 componen el triforio del coro y representa la genealogía de Cristo desde Adán.

Interiormente es una construcción de grandes dimensiones, donde la diferencia de altura entre las naves es pequeña, lo que no impide la existencia de dos pisos en la nave central por encima de las arquerías de separación.

Afuera, en la capilla de la Santísima Trinidad, se encuentran la tumba de Eduardo el Príncipe Negro y la de Enrique IV de Inglaterra, mientras que la de su mujer, la reina Juana de Navarra, está en el lado norte.

La custodia de las reliquias de Thomas Becket fue destruida bajo el mandato de Enrique VIII; el punto exacto donde fue asesinado está señalado por medio de una placa. Hacia el norte del templo hay varios claustros, un baptisterio, una biblioteca y un colegio fundado en el año 598.